農田水利署瑠公管理處組織架構圖由上至下分別為：

處長1人、副處長1人及主任工程師1人，並設置管理組、財務組、總務組、主計室、人力資源室及輔導室，其中財務組下設企劃股與財產股，另設置所屬工作站包含社子工作站及新店工作站。

一、執行處長交辦事項。

二、推動水利行政、工務管理業務電腦化。

三、辦理灌溉及排水工程圳路割草、疏濬等工程。

四、辦理灌溉及排水工程圳路改善、災害搶修復舊等工程之測量、規劃設計、發包、訂約、監工、驗收及決算等事項。

五、維持各抽水廠及抽水站之抽水機正常運轉，防汛期間則租用發電機，以保持社子地區抽水機正常運轉。

六、灌溉用水分配、調節、糾紛處理、圳路佔用取締、水質檢驗、等事項。

七、辦理水權申請登記、灌溉地異動調查、河川公地之管理及各項會勘等事項。

八、辦理基層水利小組業務。

九、協助旱作灌溉推廣、勘查及規劃設計。

十、工作站水文氣象雨量資料收集及統計。

ㄧ、印信之典守監督。

二、辦理諮議委員會議事宜。

三、辦理事務性之採購作業。

四、現金、票據及有價證券之保管、收付登記。

五、各項經費之收付及支票之保管、填用、收款、收據之製發事項。

六、各項稅捐、勞保、健保費等之代扣報繳。

七、銀行帳單之核對及庫存之保管報告事項。

八、公文收發登記繕校及稽催等事項。

九、辦公文具及消耗品之採購、登記、發放、印刷。

十、公文信件之交寄、郵票黏貼登記、保管及報銷。

十一、辦公廳所內外所用之器物，採購、登記、編號、折舊、報廢、標售 。

十二、辦理風景區、瑠公墓園之維護管理、會議、節慶、宴客業務場地佈置及公關等工作。

十三、處有車輛管理、修護、調派、採購、折舊、報廢、標售。

十四、執行處長交辦事項。

一、資金之運用規劃。

二、年度財務計畫之擬寫事項。

三、不動產之改良、興建、處分事項。

四、新興事業之開發研究報告。

五、廢圳路之調查、測量、登記、處分。

六、房地產之管理營運、修繕、清查。

七、不動產之權狀、憑證、保管、登記事項。

八、各項稅捐之調查、統計、籌措及減免申請等。

九、地籍之校正、測量、分割、登記事項。

十、土地重劃之校正、權狀之申請。

十一、會員會籍之調查、登記、製卡及名冊之編造。

十二、各項租金之催收、支付。

十三、訴訟案件之處理。

十四、各項應征收費用及房地產之租金調定及申請減免調查處理。

十五、各項應征應收費用，委辦手續。

十六、被佔用之土地調查、取締及訴訟。

十七、不動產價值之預估與折舊及目錄之編造。

十八、不動產及地上物糾紛之處理。

十九、經辦之文書檔案保管。

二十、其他有關管理處財務事項。

二十一、處長交辦事項。

一、辦理本處組織編制、任免遷調、考績獎懲等事項。

二、辦理本處員工之差假勤惰管理。

三、辦理本處人事資料之管理。

四、辦理相關法令釋疑事項。

五、辦理本處員工待遇、加給、津貼給與之相關事項。

六、辦理本處員工勞工保險、全民健保、會員第三類健保相關業務。

七、規劃與辦理各項文康活動以及本處員工訓練進修相關事項。

八、其它交辦事項。

一、編製各年度概算、預算、分配預算及決算等事項。

二、預算之執行、控制，經費開支之內部審核事項。

三、原始憑證保管、記帳憑證製作、會計簿籍登載及會計報告編報事項。

四、各項採購案件及維修工程等監辦事項。

五、現金、有價證券、銀行存款之查核事項。

六、業務統計報表之彙辦事項。

七、其他有關會計業務事項。

一、政風工作策劃、協調與推行。

二、政風法令蒐整、法紀常識之宣導。

三、協同業務部門研訂各項防弊措施。

四、法紀常識及政風法令宣導與教育。

五、員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。

六、政風考核獎懲建議事項。

七、公務機密維護推行、檢查及教育。

八、洩密資料蒐集、研析及洩密案件查處。

九、機關安全維護設施工作之策劃、推行、協調及檢查。

十、協助業務單位辦理陳情及請願案件。

十一、處長及上級業務督導單位交辦事項。